Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας στα πλαίσια της λειτουργίας του έχει διαχειριστεί προγράμματα εκπαιδευτικά, ερευνητικά και αναπτυξιακά συγχρηματοδοτούμενα είτε από τα αποθεματικά του, είτε από ιδιωτικούς και δημόσιους φορείς, του εσωτερικού ή του εξωτερικού και τα οποία ανάλογα με το χρηματοδότη κατατάσσονται στις παρακάτω κατηγορίες:
- Εθνικά Προγράμματα
Χρηματοδοτούμενα από το ΥΠΕΠΘ, τη ΓΓΕΤ, το Υπουργείο Εξωτερικών, το ΙΚΥ, το Εθνικό Ίδρυμα Νεότητας κ.α.
- Ευρωπαϊκά Προγράμματα
Χρηματοδοτούμενα από την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσα από πλαίσια προγραμμάτων όπως 7ο ΠΠ, Leonardo, Socrates, Erasmus, Tempus, Grundvic κ.α.
- Κοινοτικά Προγράμματα
Συγχρηματοδοτούμενα από το ΠΔΕ και την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσα από πλαίσια προγραμμάτων όπως:
Β’ ΚΠΣ-Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Εκπαίδευση και Αρχική Επαγγελματική Κατάρτιση Ι
Γ’ ΚΠΣ
– Επιχειρησιακά Προγράμματα: Εκπαίδευση και Αρχική Επαγγελματική Κατάρτιση ΙΙ, Κοινωνία της Πληροφορίας, Αλιεία, Ανταγωνιστικότητα, κ.α.,
– Προγράμματα Κοινοτικής Πρωτοβουλίας: Interreg III Leader, Equal, κ.α.
- Προγράμματα Τρίτων
Χρηματοδοτούμενα από τρίτους για μελέτες, σεμινάρια, κ.α.
