Η διάρθρωση του ΑΤΕΙΘ σε Σχολές και Τμήματα από το ακαδημαϊκό έτος 2013-2014, σύμφωνα με το Π.Δ.82/2013 αποτυπώνεται στον παρακάτω πίνακα. Το Τμήμα Τεχνολογίας Αλιείας & Υδατοκαλλιεργειών, Παράρτημα Μουδανίων, βρίσκεται σε μεταβατικό στάδιο μέχρι το 2018.

ΣΧΟΛΗ ΤΜΗΜΑΤΑ
ΔΙΟΙΚΗΣΗΣ & ΟΙΚΟΝΟΜΙΑΣ (ΣΔΟ) 1.Βιβλιοθηκονομίας και Συστημάτων Πληροφόρησης

2.Διοίκησης Επιχειρήσεων

α) Διοίκηση Τουριστικών Επιχειρήσεων και Επιχειρήσεων Φιλοξενίας

β) Μάρκετινγκ

3.Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής

ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΩΝ ΥΓΕΙΑΣ & ΠΡΟΝΟΙΑΣ (ΣΕΥΠ) 4. Αισθητικής και Κοσμητολογίας

5.Ιατρικών Εργαστηρίων

6.Μαιευτικής

7.Νοσηλευτικής

8.Προσχολικής Αγωγής

9.Φυσικοθεραπείας

ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ (ΣΤΕΦ) 10.Ηλεκτρονικών Μηχανικών ΤΕ

11.Μηχανικών Αυτοματισμού ΤΕ

12.Μηχανολόγων Οχημάτων ΤΕ

13.Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ

α) Μηχανικοί Δικτύων ΤΕ

β) Μηχανικοί Η/Υ ΤΕ

γ) Μηχανικοί Λογισμικού ΤΕ

14.Πολιτικών Μηχανικών ΤΕ

α) Μηχανικοί Υποδομών ΤΕ

β) Δομοστατικοί Μηχανικοί ΤΕ

ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΩΠΟΝΙΑΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΗΣ (ΣΤΕΓΤΕΤΡΟΔ) 15.Διατροφής και Διαιτολογίας

16.Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής

17.Τεχνολόγων Γεωπόνων

α) Φυτικής Παραγωγής

β) Ζωικής Παραγωγής

γ) Αγροτικής Οικονομίας

Η διάρθρωση αυτή ανταποκρίνεται στην αντίληψη του ιδρύματος για την αποστολή του. Καλύπτει ένα ευρύ φάσμα του τεχνολογικού τομέα σε ειδικότητες αιχμής για την ανάπτυξη της χώρας. Όλα τα τμήματα του λειτουργούν εδώ και τριάντα χρόνια, και διαθέτουν την υλικοτεχνική υποδομή και εξειδικευμένο προσωπικό για να αναπτυχθούν περαιτέρω στο χώρο της ελληνικής ανώτατης εκπαίδευσης.

Ο βαθμός ανταπόκρισης της διάρθρωσης του ΑΤΕΙΘ στην μεταβαλλόμενη ζήτηση από την κοινωνία, αποτυπώνεται στις βάσεις εισαγωγής φοιτητών και στο % υποψηφίων με 1η προτίμηση τα τμήματα του ΑΤΕΙΘ, μέσα από το σύστημα γενικών εξετάσεων.

Γενικά, οι βάσεις εισαγωγής σε όλα τα ΤΕΙ είναι χαμηλότερες από αυτές για τα πανεπιστήμια, και αυτό σχετίζεται με την μεγαλύτερη ιστορία των πανεπιστημίων και την αντίστοιχη καταξίωση τους στην ελληνική κοινωνία. Τα ΤΕΙ έχουν συγκριτικά μικρότερη ιστορία αφού ιδρύθηκαν πριν από 30 μόλις χρόνια, με μια νομοθεσία η οποία δημιουργούσε αμφιβολίες ως προς τη θέση τους στο χώρο της Ανώτατης Εκπαίδευσης. Οι αμφιβολίες αυτές άρχισαν να διαλύονται νομοθετικά πριν από 12 χρόνια όταν ρυθμίστηκε με σαφήνεια η σχέση τους σε σχέση με τα πανεπιστήμια. Η δυνατότητα παροχής πτυχίων δεύτερου κύκλου σπουδών (μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών) δόθηκε νομοθετικά μόλις πριν από 3 χρόνια, ενώ δεν υπάρχει ακόμα δυνατότητα παροχής πτυχίων τρίτου κύκλου σπουδών, η οποία δίνεται αποκλειστικά στα πανεπιστήμια. Η διαφοροποίηση αυτή έχει ως αποτέλεσμα την υποτίμηση των ΤΕΙ σε σχέση με τα πανεπιστήμια.